Είναι το μοναδικό Τζαμί που έκτισαν οι Τούρκοι στην πόλη των Χανίων κατά το δεύτερο μισό του 17ου αιώνα. Κτίστηκε προς τιμήν του πρώτου φρουράρχου των Χανίων Κιουτσούκ Χασάν. Ήταν γνωστό και ως Γυαλί Τζαμί (το παραθαλάσσιο τζαμί), ή και Χαμάλ τζαμί (το τζαμί των φορτοεκφορτωτών), αφού βρισκόταν στο σημείο φορτοεκφόρτωσης των πλοίων.

Κατά τις εργασίες αποκατάστασης και μετά από έρευνα της Εφορείας Αρχαιοτήτων, διαπιστώθηκε ότι στη θέση του υπήρχε μικρός μονόχωρος ναός. Το τζαμί είναι ένα κυβικό κτίσμα, που καλύπτεται από ένα μεγάλο ημισφαιρικό, χωρίς τύμπανο, τρούλο, τον οποίο αντιστηρίζουν τέσσερα περίτεχνα πέτρινα τόξα. Η δυτική και βόρεια πλευρά του περιβάλλεται από στοά στεγασμένη από έξι μικρούς τρούλους χωρίς τύμπανο. Αρχικά η στοά ήταν ανοικτή όπως συνηθίζεται στα τζαμιά. Γύρω στα 1880 η στοά μετατράπηκε σε κλειστή με τοξωτά ανοίγματα και έντονα νεοκλασικό ύφος. Στη νοτιοδυτική γωνία υπήρχε ο μιναρές, του οποίου σώζεται η βάση. Νότια υπήρχε ένα μικρό νεκροταφείο με δέντρα και απέναντι σώζεται το μεγάλο κτήριο του Ιμαρέτ (πτωχοκομείου). Γύρω στα 1880 έγινε μια πρώτη μετατροπή του μεσαίου τόξου σε πόρτα και γύρω στα 1893 έγινε μαζί με το μπάζωμα του μικρού όρμου, η κατασκευή κρηπιδώματος δυτικά και η αναμόρφωση των τριών όψεων σε μια νεοκλασικίζουσα μορφή με τοξωτά ανοίγματα και μια κρήνη. Στο χώρο που προέκυψε κτίστηκε το Τελωνείο και η Τράπεζα Αθηνών.

Το τέμενος Κιουτσούκ (μικρού) Χασάν ή Γυαλί Τζαμί (τζαμί του γιαλού), όπως επικράτησε να λέγεται, ήταν έργο Αρμενίου αρχιτέκτονα, που είχε κατασκευάσει και άλλο όμοιό του στο χωριό Σπανιάκο του Σελίνου. Το τζαμί σταμάτησε τη λειτουργία του το 1923. Σήμερα είναι αναπαλαιωμένο, χωρίς όμως το μικρό μιναρέ του που κατεδαφίστηκε το 1920 (ή το 1939). Στους χώρους του φιλοξένησε το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων και στη συνέχεια μετά από κατεδάφιση της νότιας πλευράς και των δυο κτηρίων της πίσω πλατείας, προστέθηκε το 1964 σύγχρονο Λιμενικό Περίπτερο, το οποίο στη συνέχεια κατεδαφίστηκε για την ανάδειξη του μνημείου. Επίσης, χρησιμοποιήθηκε ως αποθήκη, Μουσείο Λαϊκής Τέχνης, Γραφείο Πληροφοριών του ΕΟΤ, ενώ σήμερα χρησιμοποιείται ως χώρος περιοδικών εκθέσεων και πολιτιστικών εκδηλώσεων.